Cobertura
tem uma área de 12 315 metros quadrados. O interior da igreja é iluminado pelo tecto, através de janelas viradas para Norte (sheds), evitando a exposição directa e dando prioridade à luz natural. Será possível mudar a iluminação, em diferentes lugares e com diferentes intensidades, com a ajuda de um sistema computorizado.

Presbitério
em frente ao altar está colocado, sobre uma caixa de prata, a primeira pedra (fragmento marmóreo retirado do túmulo de S. Pedro no Vaticano), oferecida pelo Papa João Paulo II.
Ao centro do Altar, está suspenso um grande crucifixo de bronze esculpido pela irlandesa Catherine Green, de 7,5 metros de altura, com características iconográficas próximas da arte bizantina: "um Cristo não tanto sofredor, mas sim um Cristo pascal, redentor, de Glória para a Santíssima Trindade", como explicou aos jornalistas o Reitor do Santuário.

No presbitério está ainda uma imagem da Nossa Senhora de Fátima esculpida em mármore branco de Carrara, com três metros de altura da autoria do italiano Benedetto Pietrogrande.
A parede atrás do altar é decorada por um painel que tem cerca de 500 metros quadrados, em ouro e terracota, da autoria do jesuíta esloveno, Pe. Marko Ivan Rupnik. A obra intitula-se “Chamamento Universal da Igreja”, relacionada com a Jerusalém Celeste de que fala o Apocalipse nos Capítulos 21 e 22.

Foyer
este espaço de 1476 metros quadrados para convívio e reunião para peregrinos, debaixo da igreja, adoptará o nome de Santo Agostinho, um dos padroeiros da Diocese.

Comunicação Social
Estúdios de Televisão e Rádio.

Assembleia
a nave central tem cerca de nove mil lugares sentados, configurada para duas capacidades diferentes - um primeiro espaço para 3175 pessoas, separado por um biombo, poder ser completamente aberto em caso de necessidade

Cruz Alta
do alemão Robert Schad, em aço, com 34 metros de altura e cerca de 17 metros de largura.

Pórtico de entrada
escultura da cipriota Maria Luizidou, que conjuga anjos e sombras em volta do apelo "Venite Adorem – Vinde e Adoremos".

Portas
12 laterais dedicadas aos Apóstolos, em bronze: Simão, Tiago Menor, Mateus, Filipe, João, Pedro, Tiago Menor, André, Bartolomeu, Tomé, Judas Tadeu, Matias

Painéis inferiores laterais de vidro
do autor canadiano Kerry Joe Kelly onde estão gravadas, em 25 idiomas quatro frases -  "A graça do Senhor Jesus Cristo, o amor de Deus e a comunhão do Espírito Santo estejam com todos vós"; "Os Céus proclamam a Glória de Deus; o Firmamento anuncia a obra das Suas Mãos"; "Livrai-vos de desprezar um só destes pequeninos, pois digo-vos que os seus Anjos, no Céu, vêem constantemente a face de meu Pai que está no Céu"; "Que é o homem para te lembrares dele, filho do homem para com ele te preocupares?".

Porta Central
dedicada a Cristo. Conjunto de quatro portas, com 8 metros de altura e 3,5 toneladas cada

Painéis superiores laterais de bronze
dedicados  aos 20 Mistérios do Rosário, da autoria do artista plástico português Pedro Calapez.

Espelhos de água
um alusivo ao Baptismo (água a cair) e outro à Criação (água a jorrar). Entre estes dois espelhos há uma ligação de acesso ao espaço de convívio.

Estátua de João Paulo II
João Paulo II vai ter um lugar de destaque, com uma estátua e uma frase do Papa polaco a ficarem perto da entrada principal. As palavras inscritas são de uma oração à Santíssima Trindade, que o próprio fez na Capelinha das Aparições, ao iniciar a sua peregrinação em 1982.

Confessionários para estrangeiros
32 gabinetes/confessionários, na chamada "zona da reconciliação", um local privilegiado para a confissão sacramental e a reflexão.

Capelas para estrangeiros
2 capelas de 120 lugares cada.

Capela para portugueses
salão-capela de 600 lugares sentados.

Confessionarios para portugueses
32 gabinetes/confessionários, na chamada "zona da reconciliação", um local privilegiado para a confissão sacramental e a reflexão.